Fakultas Pertanian merupakan salah satu Fakultas yang ada di Universitas Muhammadiyah Buton yang didirikan pada tanggal 16 November 2002 oleh yayasan Universitas Muhammadiyah Buton. Pada awal berdirinya Fakultas Pertanian memiliki satu program studi yang bernama Program studi Sosial Ekonomi Pertanian (Sosek) dengan izin penyelenggaraan pada tanggal 19 Oktober 2006, sesuai Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Nomor: 3962/D/T/2006, tanggal 19 Oktober 2006. Program Studi Sosial Ekonomi Pertanian mengalami perubahan nama dan kurikulum menjadi Program Studi Agribisnis, dan mendapatkan izin perpanjangan sesuai Surat Keputusan Koordinator Kopertis Wilayah IX Sulawesi Nomor: 1418/D/T/K-IX/2009, tanggal 16 Maret 2009.